宇宙世紀００８８年、宇宙はザビ家再興を目論むハマーン率いるアクシズ軍によって、再び戦場と化そうとしていた。アーガマが寄港したとの情報を聞きつけたジュドーは、大金獲得の為にＺガンダムを盗み出そうとするが・・

要塞アクシズ破壊の命を受けたアーガマは、“メガ粒子砲”を装備しラビアンローズを後にする。ジュドーはあらためてリィナ救出を決意する。最強の可変型モビールスーツ・ガンダムZZを駆り戦う、ニュータイプ、ジュドー。

ハマーン軍とグレミー軍の闘いは、グレミー軍のプルツーとラカンＶＳハマーン軍のキャラとマシュマーという形で戦いの火蓋は切られた。戦況を見つめていたネェル・アーガマも当面の敵をグレミーに絞り、ガンダムチームを出動させた。果して三つ巴の戦いの行方は？

激戦で傷ついたアーガマはシャングリラに降り立つ。それを知ったジュドーたちは、大金を得るためにZガンダムを盗み出そうとアーガマに忍び込む。

成り行きからZガンダムを駆り、敵の攻撃を振り切るジュドー。彼にニュータイプの可能性を感じたブライトは、アーガマの一員に迎え入れようとする。

執拗にアーガマを追うマシュマーは、新型MS・ハンマハンマで襲撃。Zガンダムで迎え撃つジュドーだったが、初めての宇宙戦に苦戦を強いられてしまう。

妹のリィナをさらわれてしまったジュドー。彼は謹慎中であることを顧みず、強力な可変型ハイパワーMS・ガンダムZZで宇宙に飛び出してしまった。

アクシズを破壊するため、メガ粒子砲を装備しラビアンローズを発ったアーガマ。ジュドーは掠われた妹・リィナの救出を硬く決心していた・・

地球圏制圧に乗り出したネオ・ジオン軍を撃滅するため、アーガマも地球へ向かう。ジュドーはリィナを救出するため1人ハマーンの乗る戦艦に乗り込んだ。

アクシズに制圧されてしまったダカールを奪還するため、アーガマとガンダムチームは二手に分かれ連邦議会の包囲に乗り出す。ジュドーと再会したリィナを待ち受ける悲劇とは・・

ルーに不信感を抱くビーチャたちは、グレミーとの戦闘の際、彼女を盾に。それに腹を立てたルーは、コアファイターでアーガマから離脱し・・

ダブリンの幹部邸宅を訪れたブライト艦長は、サイド3をハマーンに渡し停戦条約を結ぼうとする彼らのやり方に非を唱えた。しかし意見はまったく受け入れられず、隠れ見ていたジュドーは・・

宇宙制圧を急ぐハマーンを阻止するため、ジュドーたちは新造戦艦“ネェル・アーガマ”が待つドッグステーション、ラビアンローズに向かう。そこにマシュマーが強力なMS・リゲルグを駆り奇襲を仕掛けてきた・・

機雷の処理に手間取っていたジュドーら。ラサラは彼らを自らの波動では守りきれないと感じ、モンドと共にハマーンに会いに街へと出る。そこにスタンパのズゴックが出現し、ラサラは・・

グレミー軍のプルツーとラカン、ハマーン軍のキャラとマシュマーという形で戦いの火ぶたは切って落とされた。戦況を見ていたネェル・アーガマ隊はガンダムチームを投入、三つ巴の戦いが始まる。